Отдел мобилизации исполкома обязали направить в театр 10 рабочих сцены, 2 столяров, 1 портного, 1 сапожника, 2 парикмахеров, 2 бухгалтеров. Крайплану поручили выделить все необходимые материалы — гвозди, тес, фанеру, краску и т. д. Крайторготдел обязали выделить сотрудникам театра 50 пайков, 20 обедов, необходимые материалы для оформления спектаклей: хлопчатки — 2000 метров, шелка — 1000 метров, модельной обуви — 50 пар.
На предприятиях изготовили для театра мебель: 40 шифоньеров, 200 стульев, 50 кроватей, 4 гарнитура мягкой мебели. Театр вновь открылся. Однако, и эта попытка оказалась неудачной. После окончания Великой Отечественной войны, актеры, эвакуированные в Красноярск из разных городов СССР, стали возвращаться на родину. Оставшаяся часть труппы была переведена в Иркутск.
20 февраля 1959 года состоялось официальное открытие Красноярского театра музыкальной комедии в помещении Дворца культуры Железнодорожников. Первый директор — Н. Г. Ляпунов. Главный режиссёр — Я. М. Корнблит. Главный дирижер — С. Н. Бедерак. Первой постановкой стал спектакль Исаака Дунаевского «Вольный ветер».
В 1964 г. здание, арендованное у ДК Железнодорожников, полностью передано театру музыкальной комедии. А в 1965 году в Красноярском театре музыкальной комедии был поставлен второй в СССР мюзикл (первый был в Одесском театре оперетты) «Моя прекрасная леди» Фредерика Лоу. До перестройки он значился в репертуаре как оперетта. В то же время на сцене театра идут такие спектакли как «Марица» Имре Кальмана, «Цыганская любовь», «Веселая вдова» Франца Легара, «Цветок Миссисипи» Джерома Керна.
В 1967 г. Красноярский театр музыкальной комедии стал лауреатом Всесоюзного и Всероссийского фестивалей музыкальных театров.
В 1970 г. у театра активно разворачивается гастрольная деятельность. Труппа выступает по всему Советскому Союзу от Калининграда до Владивостока.
В 1975 г. на сцене театра зрители увидели постановку музыкально-драматической композиции к 30-летию Победы в Великой Отечественной войне «Опаленные строки». Она заняла первое место на Всероссийском и второе на Всесоюзном смотрах театральных работ.
В 1981 году здание театра было закрыто на реконструкцию. Труппа была вынуждена переехать в Дом культуры Комбайностроителей, который имел меньшую сцену и более тесные помещения. Именно на сцене ДК Комбайностроителей были поставлены первые экспериментальные рок-оперы «Девушка и смерть» Евгения Лапейко и «Прометей» Леонида Волоха.
27 марта 1993 г. Красноярский театр музыкальной комедии считает своим вторым днем рождения. Именно тогда состоялся переезд театра в новое, перестроенное по проекту архитектора А. С. Демирханова здание.
В 2004 г. актриса театра Тамара Агапова была удостоена почетного звания «Народный артист Российской Федерации». Для театра это стало первым «народным» званием.
В 2006 году водевилем «Руководство для желающих жениться» Г. Гладкова в театре открылся Малый зал.
В июне 2008 года Красноярский государственный театр музыкальной комедии был реорганизован в Красноярский музыкальный театр.
В 2009 году театр отметил 50-летний юбилей. За 50 лет на сцене театра поставлено более 200 спектаклей: балетные спектакли, комические оперы, мюзиклы, водевили, музыкальные комедии и оперетта.